세월이 흘러 이제마는 진해 현감으로 부임하고 문환은 함흥에서 난을 일으켜 관찰사를 효수형에 처하면서 관아를 접수하게 되는데..

역병 환자들을 돌보던 제마가 갑자기 쓰러지자 운영은 안절부절하지 못 하고, 한편 제마가 쓰러졌다는 소식에 최진사는 계략을 꾸미기 시작하는데..

진해에선 역병이 창궐하고, 제마는 백성들을 돌보느라 분주하다. 한편 추수 때가 다가옴과 동시에 마을에 역병은 걷잡을 수 없이 번지는데..

치열한 전쟁에서 제마는 총상을 입은 정무 김기석과 재회한다. 한편 계속된 전투 속에서 설이는 총상을 입고 쓰러지는데..

운영은 제마에게 개명한 청국에 가서 서양 의술을 접해보라고 권한다. 한편 설이는 문환을 도와가며 제마를 잃은 상심을 극복하려 애쓰는데..

제마가 설이를 찾아간 사이 공씨의 병세가 위중해져 수산원에는 긴장감이 감돈다. 한편 상욱이 내의원 의관으로 가겠다고 자인에게 전하는데..

차도를 보이던 윤초시가 돌연 숨을 거두자 제마는 할 말을 잃고, 한편 황직수는 이번 일을 빌미로 제마를 내쫓을 생각에 기세등등해지는데..

상욱은 수산원이 타락하는 것이 아무렇지도 않으냐는 제마의 질문에 분개하고, 그렇게 제마와 상욱은 수산원의 앞날을 건 한판 승부가 시작되는데..

취선옥 앞에서 맞닥뜨린 제마 운영 그리고 설이. 운영은 제마를 이끌고 서둘러 자리를 피하고 설이는 제마를 향한 그리움에 눈물짓는데..

제마를 찾아온 운영은 오랜 여독으로 그만 혼절해 버린다. 한편 제마와 운영 일행이 수산원으로 들어서려 하자 봉수와 군관들이 앞을 막아서는데..

광필은 병은 더 이상 손쓸 수 없는 상태가 되어버리고, 제마는 그런 신행수와 광필에게 마지막 처방을 준비하는데..

제마는 거상 신행수에게 흑노환을 처방해 사경에서 구해낸다. 한편 봉수는 설이를 찾아 취선옥으로 들이닥치고 기어이 설이와 맞닥뜨리는데..

평산 사또는 딸이 오래도록 면포을 앓자 제마를 압송해 오도록 명하고, 그곳에서 제마는 분이에게 처방을 내리지만, 차도가 보이지 않고..

천수부는 노루 간을 먹고 피를 토하며 쓰러지자 제마는 경악을 한다. 한편 수산원에 대한 황직수의 간섭은 나날이 극심해지는데..

유랑을 하던 제마와 덕용은 산적 떼에게 희롱당할 뻔한 규선을 구해준 후, 수재를 입고 이질에 걸려 고생하는 마을에 당도하게 되는데..

제마는 자신이 치료하고 있는 병자가 설이인줄은 꿈에도 생각지 못한다. 한편 운영은 자인에게 제마와의 혼인의 뜻을 강하게 밝히는데..

제마는 극명당 단원들의 체질적 특성을 살피던 중 연구의 실마리를 찾게 된다. 한편 제마를 찾아간 운영은 청혼을 하게 되는데..

극명당 단원들이 고된 훈련을 받는 모습에 제마는 안타까워하고, 한편 수산원에서는 약재가 떨어졌으나 약재들을 사들이지 못해 쩔쩔매는데..

군졸들에게 쫓기던 제마와 덕용은 포수의 도움으로 가까스로 위험을 피한다. 한편 반오의 투병 소식을 알게 된 제마는 함흥으로 달려가는데..

설이는 제마의 안전을 위해 봉수의 첩이 되기로 결심한다. 한편 운영은 병자를 돌보기에 여념이 없는 제마를 찾아가 설이의 사연을 전하는데..