백성들의 민심이 흉흉해지며 조선조정과 선조의 고민은 커져만 가고,

류성룡은 왜변을 방비하려 이순신과 거북선 건조에 힘을 기울인다.

한편,일본에 풍신수길은 본격적으로 조선을 침략하려는 계획을 세우는데..

건저를 주청 했다는 괘씸죄로 정철은 선조의 노여움을 받고,

이산해는 이 계기로 정철에게 사약을 내려달라 선조를 찾아간다.

정철의 죽음을 반대하던 류성룡은 이산해와 마찰이 생기며 멀어지게 되고...

한편,풍신수길은 츠루마츠의 죽음으로 인해 당장 조선을 치려고 하는데...

소서행장과 평의지는 풍신수길의 국서를 위조해 전쟁을 막으려하고 조선으로 또 다시 국서를 보낸다.

한편,선조는 하삼도의 백성들이 군역과 부역으로 큰 불만을 갖는다며 고민에 빠지고

류성룡에게 그들을 다시한번 살펴보라 명을 내리는데...

황윤길(통신사 정사)과 김성일(통신사 부사)의 서로 다른 의견으로 조선조정은 떠들석거리고

황윤길의 소문으로 인하여 백성들은 피난을 떠난다.

선조는 류성룡에게 백성들을 살펴보라 지시를 내리고 그에게서 충격적인 이야기를 듣는데...

조선 조정은 왜구의 심상치 않은 행동에 의심을 하고 재능있는 장수들을 뽑아 변방을 지키려 한다.

그에 류성룡은 품계가 낮은 이순신을 추천하고 대신들에게 뇌물의 의심을 받는다.
한편,일본의 풍신수길은 조선을 침략 하려는 계획을 세우는데...

정철,송익필,성혼(서인 3인방)은 자신들의 뜻을 펼치기 위해 세자를 세우려는 계략을 꾸미고

류성룡과 이산해에게 접근한다.
한편, 조선통신사 일행은 풍신수길의 무례한 국서에 크게 격분하는데..

기축년 옥사일에 정철(선동혁)과 송익필이 개입된걸로 본 류성룡(김상중)은

무고하게 죽은 선비들을 생각하고 마음아파하고..

그로인해 동인과 서인의 갈등이 다시 생기게 된다.

한편, 교토에 도착한 조선사신단은 예의 없는 일본의 행동에 매우 언짢아하는데...

병조를 통해서 긴밀하게 개발된 조선의 무기 비격진천뢰가 반민 사화동의 입에 오르며 그로 인해 세작사건이 터지고,

조선조정은 군사기밀이 빠져나갈 뻔 했다며 난리가 일어난다.

류성룡(김상중)은 통신사를 보내어 왜의 의중을 살피자며 서인과 갈등이 생기고 선조(김태우)의 고민은 커지는데...

서인의 영수 정철(선동혁)은 역모사건의 위관을 맡게 되고 역모에 관련된 자들을 모두 옥사시킨다.

한편, 류성룡(김상중)은 역당들의 서찰에 이름이 언급되고 위험해 처하는데...

1589년(선조22년).

조선조정은 통신사를 보내달라는 왜국의 요청을 둘러싸고 동인과 서인으로 갈려 갑론을박 한다.

병조 판서 류성룡(김상중)은 통신사 파견을 주장하다 선조(김태우)의 노여움을 사는데...