왜란으로 인해 정도전과 업둥은 서로 헤어지게 되고 거평부곡은 완전히 불타올라 사라지게 된다. 그리고 6년이 지난다. 그동안 태후와 경복흥은 죽게 되고 고려는 이인임의 손아귀 속에서 점점 몰락하고 만다. 우왕의 원자가 생기자 이를 기념하여 정몽주는 정도전의 죄를 사면할 것을 주장하지만 반대세력에 의해 거부되고 만다. 한편 최씨는 남편 정도전이 실종되었다는 소식을 듣는데...
업둥은 박수를 따라가길 결심하고 정도전은 그녀를 말리고자 하지만 아무 힘이 없는 자신을 보며 괴로워한다. 개경에서는 이인임이 득세하여 신진사대부를 향한 잔혹한 보복이 시작되고 최영은 이인임에게 이번의 치욕을 반드시 설욕할 것이라고 말한다. 한편 거평부곡까지 왜구들이 들어오게 되고 노략질은 점점 본격화되는데...
김의의 심복인 이가가 안사기의 집에서 나오다가 정몽주와 사대부들에게 걸리게 되고 이에 태후와 최영은 안사기를 추궁한다. 한편 거평부곡에서 유배중인 정도전은 점점 업둥을 비롯한 황연 가족에게 마음을 열고 부곡민들의 처참한 현실에 눈을 뜨게 된다. 위기에 빠진 안사기는 이인임을 찾게 되고 이에 이인임은 점점 곤란한 입장에 빠지게 되는데.. 그때 왜구가 침략해 온다.
정도전은 순군옥에 갇히게 되고 다음 날 이인임에게 국문을 당할 상황에 처한다. 한편 공민왕의 울증에 고민을 하던 태후는 정비에게 공민왕과 합방할 것을 권유하고, 공민왕은 그 소식을 듣고 더 광기를 부리며 도당의 반대에도 무릅쓰고 자신과 노비 반야에서 태어난 모니노를 후계로 세우려고 하는데...
공민왕 말기, 노국공주의 영전공사와 공민왕의 광기로 인해 고려는 점점 몰락하고 있을 때, 성균관 말단관직인 정도전은 공민왕에게 민심을 살펴 나라를 다스리라는 상소를 제출한다. 하지만 공민왕이 읽기 전 고려의 실세인 이인임은 상소를 가로채고 더 나아가 공민왕의 후계로 천출 출신이라는 소문이 도는 모니노를 세우려고 노력한다. 이에 정도전과 정몽주 등 성균관 유생들은 목숨을 걸고 고려의 미래를 위해 이인임을 비롯한 고려의 썩은 권문세가를 탄핵하려고 하는데...