자인(한예리)은 죽음을 앞둔 전봉준(최무성)을 찾아가 역사에 남을 마지막을 준비한다. 마침내 이강(조정석)은 동생과의 악연을 끊고 자신의 손으로 도채비를 처단하기 위해 이현(윤시윤)의 뒤를 쫓는데...

이현(윤시윤)은 김가의 배신으로 붙잡힌 전봉준(최무성)에게 일본을 대신해 최후의 거래를 제안한다. 한편 이강(조정석)과 별동대는 전봉준을 만나기 위해 목숨을 걸고 호송 행렬에 접근하는데...

조일연합군은 패배 후 전라도 곳곳에 숨은 동학군 학살에 나서고 민보군들이 각 고을의 집강소를 공격하는 가운데 유월(서영희)의 목숨도 위태로워진다. 우금티에서 간신히 목숨을 부지한 이강(조정석)은 복수를 위해 전주로 숨어드는데...

마침내 시작된 결전. 봉준(최무성)이 이끄는 동학군은 우금티를 향해 파죽지세로 돌격하지만 조일연합군의 막강한 화력에 큰 피해를 입고. 이강(조정석)이 이끄는 별동대는 우금티 서쪽의 연합군 포대를 급습하는데...

자인(한예리)을 살리고 싶다면 의병들을 배신하라는 이현(윤시윤)의 협박에 봉길(박지일)은 고심에 빠진다. 마침내 전봉준의 군대는 한양으로 진격을 시작하고 일본의 협박을 받은 조선 조정은 의병들을 토벌할 연합군을 결성하는데...

전주로 내려온 이현(윤시윤)은 이강(조정석)에게 자신의 호위를 요청하고 이강은 속내를 숨긴 채 이현의 뒤를 따른다. 자인(한예리)은 의병들이 사용할 탄약을 확보하기 위해 다케다(이기찬)의 수하에게 접근하는데...

봉준(최무성)은 일본과의 전쟁을 위해 여러 세력들을 규합해 나가고 이현은 봉준의 재봉기 여부를 알아내려 노력한다. 이강(조정석)은 유월(서영희)을 공격한 일당을 쫓다 배후에 뜻밖의 인물이 있음을 알게 되는데

이강(조정석)은 도채비의 정체를 숨긴 죄로 대도소의 재판에 회부되고 천우협의 일원이 된 이현(윤시윤)은 거침없이 일본을 위해 움직이기 시작한다. 달라진 이현의 모습을 본 자인(한예리)은 경악하고 무능한 왕실의 태도에 고뇌하는데...

버들이(노행하)를 납치한 다케다(이기찬)는 정보를 얻고자 버들이를 고문하지만, 그녀는 끝까지 입을 열지 않는다. 한편 흥선대원군 이하응(전국환)을 찾은 다케다는 본격적으로 일본의 조선장악에 대한 본색을 드러내기 시작하는데...

일본군이 경복궁 영추문까지 진격하는 모습을 본 백이강(조정석)은 당황스러움을 감추지 못한다.

한편 해승(안길강)과 버들(노행하)와 힘을 합쳐 일본군대를 무찌르지만 그들을 이기기에는 역부족인데...

조선에서의 영향력을 확대하려는 일본의 압박은 거세지고 전쟁의 위기감이 점차 커진다. 대원군(전국환)은 고종에게 봉준(최무성)과 손을 잡으라고 권한다. 김가(박지환)는 속내를 숨기고 자신이 이끌던 탈영병과 함께 이현(윤시윤)을 찾아가는데

대원군(전국환)을 만나라는 밀명을 받고 이강(조정석) 일행은 한양으로 출발하고. 고부의 집강이 된 이현(윤시윤)은 개혁에 착수하지만 석주(최원영)와 양반들의 반발에 부딪힌다. 도채비의 진짜 정체를 눈치 챈 김가(박지환)는 이현이 있는 고부로 향하는데...

봉준(최무성)을 저격하면 한양으로 가는 길을 열어주겠다는 제안에 이현(윤시윤)은 다시 한번 도채비가 되기로 결심하고. 드디어 역사적인 화약을 체결하기 위해 봉준과 김학진(남문철)이 마주앉게 되는데..

봉준(최무성)은 아버지와 덕기(김상호)를 살리기 위해 찾아온 자인(한예리)에게 조선의 미래를 건 거래를 제안하고. 경군 군영에 잠입한 이강(조정석)은 도채비의 정체가 이현(윤시윤)이란 것을 직감하는데...

도채비 추적에 나선 이강(조정석)과 별동대. 부상을 입은 이현(윤시윤)은 별동대의 추적에 붙잡힐 위기에 놓이고. 동학군을 피해 숨은 봉길(박지일)은 전봉준(최무성)을 암살할 계획을 세우는데...

전주성에 입성한 동학군. 홍계훈(윤서현)이 이끄는 관군은 전주 인근 완산에 진을 치고 이강(조정석)이 속한 동학군을 압박해온다. 이현(윤시윤)이 이끄는 향병대도 관군에 합류하고 마침내 성벽을 사이에 두고 형제가 총뿌리를 겨누게 되는데

동학군의 진영을 떠난 자인(한예리) 앞에 나타난 관군. 마침내 최신식 무기로 무장한 홍계훈(윤서현)의 부대와 동학군이 황룡강에서 맞닥뜨린다. 새 세상으로 나아가기 위한 피할 수 없는 일전. 드디어 봉준(최무성)이 준비한 비장의 무기가 모습을 드러내는데.

황토현 전투의 승리도 잠시. 동학군의 진영에 한양에서 출발한 관군이 전라도에 상륙했다는 소식이 전해진다. 봉준은 자인을 통해 관군에 맞설 비장의 무기를 준비하고. 고부로 돌아온 이현은 석주에게 예정대로 혼례를 진행하겠다 말하는데...

마침내 백산에 집결한 동학군은 전주로 진격하고. 이들을 진압하기 위해 전라감영에서도 군대가 출발한다. 동학군이 된 이강과 진압군이 된 이현. 칼을 겨눌 수밖에 없게 된 두 형제의 운명은...

석주의 흉계로 이현은 징집되어 전쟁터로 끌려가게 된다. 이강은 의병이 되기 위해 전봉준을 찾아가지만 그곳엔 이강에게 깊은 원한을 가진 이들이 가득한데..